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南京云锦的产生和发展与南京的城市史密切相关，南京丝织业最早可追溯到三国东吴（公元222年—公元280年）时期。
东晋（公元317年—公元420年）末年，大将刘裕北伐，灭秦后，将长安的百工全部迁到国都建康（今南京），其中织锦工匠占很大比例。后秦百工中的织锦工匠继承了两汉、曹魏、西晋和十六国前期少数民族的织锦技艺。
东晋义熙十三年（公元417年）东晋在建康设立专门管理织锦的官署——锦署，被看做是南京云锦正式诞生的标志。
元代开始，云锦一直为皇家服饰专用品。
明朝时织锦工艺日臻成熟和完善，并形成南京丝织提花锦缎的地方特色。
清代在南京设有“江宁织造署”，《红楼梦》作者曹雪芹的祖父曹寅，就曾任江宁织造20年之久。这一时期的云锦品种繁多，图案庄重，色彩绚丽，代表了历史上南京云锦织造工艺的最高成就。南京云锦织造鼎盛时拥有3万多台织机，近30万人以此和相关产业为生，是当时南京最大的手工产业。
1949年后，政府先后投资几千万元用于恢复和保护云锦，南京市云锦研究所还成功地科学复制了20世纪70年代湖南长沙马王堆汉墓出土的“素纱褝衣”、北京十三陵定陵出土的明万历皇帝“织金孔雀羽妆花纱龙袍”等，但云锦仍然面临着后继无人的局面，全国真正懂云锦技术的不过50人。
1954年，为抢救濒临消亡的南京云锦，“云锦研究工作组”组建成立。
1957年，江苏省政府批准建立“南京云锦研究所”，这是中国唯一一家集研究、生产、展示、销售于一体的云锦专业机构。
1979年发展到15个加工点，97台织机，外加工人员达300余人，还研制恢复失传多年的传统品种妆花罗、妆花纱、妆花绸等。一九七十年代到二十一世纪初，南京云锦的科研人员经过努力，把濒临消亡的南京云锦织造工艺逐渐恢复，并搜集整理了云锦图案和画稿，培训艺徒，恢复了失传品种“双面锦”、“凹凸锦”、“妆花纱”等，复制了汉代的“素纱禅衣”、宋代“童子戏桃绫”、明代“妆花纱龙袍”等珍贵文物，并征集收藏了900多件云锦实物资料，为南京云锦的研究发展打下了良好的基础。
2001年，南京云锦正式申报人类口头和非物质遗产，名次排于古琴之后。
2004年，在南京市政府的支持下，成立了“南京云锦博物馆”。2003年到2005年，南京云锦研究所生产的“吉祥”牌南京云锦分别获南京市和江苏省名牌产品称号。
2005年10月，南京云锦“吉祥”牌商标被南京市评为著名商标。
2005年12月南京云锦研究所的“吉祥”牌南京云锦被质监总局作为首批向国际地理标志（GI）组织推荐的30个地理标志产品之一，成为中国首批获国际权威组织承认的国际地理标志产品。南京云锦研究所全部保留着历史上的妆花技术，曾成功地复制了明定陵出土的万历皇帝过肩龙妆花纱织成袍料。自1979年以来，该所复制龙袍及匹料已达100多件。
2006年1月，云锦研究所再次受北京定陵博物馆委托，对一件明万历皇帝龙袍进行复制。
2006年5月20日，南京云锦木机妆花手工织造技艺经国务院批准列入第一批国家级非物质文化遗产名录。国家级非物质文化遗产项目南京云锦木机妆花手工织造技艺代表性传承人有南京云锦研究所有限公司的朱枫、周双喜，以及江苏汉唐织锦科技的金文。省级传承人有师从云锦老艺人朱枫的邬悉尔。
2009年，根据《地理标志产品保护规定》南京云锦研究所被国家质检总局核批为首批地理标志使用企业，“南京云锦”获得地理标志产品保护。
2013年，南京市唯一获得云锦地理标志保护的云锦研究所“吉祥牌”云锦启用专用标志。
2013年《地理标志产品云锦》国家标准召开复审论证会，南京云锦研究所有限公司等4家标准起草单位出席，对《地理标志产品云锦》国家标准实施5年来的情况进行了总结和评价。
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